世界混农林业中心中国项目部成立于2002年8月。目前，根据与中国农业部和中国农业科学院的合作协议在北京设立了联络办公室，在云南，世界混农林业中心与中国科学院、中国科学院昆明植物研究所共同成立了山地生态系统研究中心。